거래처가 자료상으로 드러나 받은 세금계산서 매입세액이 불공제됐다면 — 실물 거래와 선의·무과실이 인정된 판결과 부정된 판결

물건은 분명히 받았고 대금도 세금계산서에 적힌 회사 계좌로 보냈는데, 2년쯤 지나 세무서에서 "거래처가 자료상으로 확인됐으니 그 세금계산서의 매입세액을 공제할 수 없다"는 과세예고통지가 날아옵니다. 부가가치세 본세에 가산세가 붙고, 법인이라면 법인세 쪽 증빙 가산세까지 함께 나옵니다. 상담에서 가장 많이 듣는 말은 "물건을 진짜로 받았는데 왜 내가 세금을 또 내야 하느냐"입니다. 결론부터 말씀드리면, 실물을 받았다는 사실만으로는 이기지 못하고, 거래 당시 공급자가 가짜라는 것을 몰랐고 모른 데 잘못이 없었다는 점을 매입자 쪽이 자료로 증명해야 이깁니다. 다만 법원은 매입자에게 거래처의 뒷사정까지 캐낼 조사의무를 지우지 않습니다. 거래 시작 무렵에 확인할 수 있었던 사정만으로 의심할 만한 충분한 이유가 있었는지를 봅니다. 그래서 같은 고철·폐동 거래라도 사업자등록증·통장 사본·계량표를 남긴 회사는 처분을 취소받았고, 현금이나 제3자 계좌로 대금을 주거나 담당자 실명조차 몰랐던 회사는 졌습니다. 실무에서 결론을 가르는 것은 거래를 시작한 경위, 대금이 간 계좌, 사업장 확인, 단가, 물류 증빙, 그리고 세무조사 때 남긴 진술입니다. 아래에서 처분이 취소된 판결과 유지된 판결을 짝으로 놓고, 과세전적부심사부터 심판청구와 행정소송까지의 대응 순서를 차례로 짚어 보겠습니다.

핵심만 먼저 정리하면

1. 실물을 받았는데도 매입세액이 불공제될 수 있나요? — 됩니다. 공급자 명의가 실제 공급자와 다르면 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서가 되어 부가가치세법 제39조 제1항 제2호에 따라 공제가 막힙니다. 인천지방법원 2013구합11332 사건에서는 과세관청도 실물 이동을 인정했지만 세금계산서는 사실과 다른 것으로 판단됐습니다.

2. 무엇을 증명하면 공제를 받을 수 있나요? — 명의위장 사실을 알지 못했고 알지 못한 데 과실이 없었다는 점입니다. 이 증명책임은 공제를 주장하는 매입자에게 있습니다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결). 다만 매입자에게 적극적 조사의무는 없어서, 의심할 만한 충분한 사정이 있었어야 과실이 인정됩니다(대법원 1997. 9. 30. 선고 97누7660 판결).

3. 어떤 회사가 이겼나요? — 거래처를 직접 방문해 사업자등록증·대표자 명함·같은 명의 통장 사본을 받고, 제3자가 발행한 계량표로 실물을 맞추고, 시세대로 사업용 계좌에 송금한 회사입니다. 서울고등법원 2024. 1. 11. 선고 2022누71334 판결은 1심 패소를 뒤집고 4년치 부가가치세 부과처분을 모두 취소했습니다.

물건이 실제로 오갔어도 '사실과 다른 세금계산서'가 됩니다

매입세액 불공제 사건의 첫 단추는 "실물이 있었느냐"가 아니라 "그 물건을 실제로 공급한 사람이 세금계산서에 적힌 그 회사였느냐"입니다. 사실과 다른 세금계산서란, 부가가치세법 제39조 제1항 제2호에 따라 공급하는 사업자의 등록번호와 성명, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 세액, 작성 연월일 같은 필요적 기재사항이 실제 거래와 다르게 적혀 매입세액을 공제받을 수 없는 세금계산서를 말합니다. 필요적 기재사항은 같은 법 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지가 정합니다. 법원은 '사실과 다르다'는 것을 계약서 같은 형식이 아니라 실제로 재화를 공급하거나 공급받은 주체, 가액, 시기와 일치하지 않는 경우라고 봅니다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결).

그래서 거래처가 이른바 폭탄업체나 자료상이라는 사실이 드러나면, 내가 받은 물건이 진짜였더라도 세금계산서는 사실과 다른 것이 됩니다. 인천지방법원 2014. 6. 12. 선고 2013구합11332 판결의 거래처는 석 달 동안 매입 없이 115억 9,900만 원어치 매출 세금계산서만 발행하고 폐업한 회사였습니다. 실제 운영자들은 무재산자 명의로 회사를 세워 무자료 고철을 팔면서 그 회사 명의로 세금계산서를 끊었고, 조세범 처벌법 위반으로 유죄가 확정됐습니다. 과세관청도 매입자에게 실물 이동이 있었다는 점은 인정했지만, 법원은 공급자가 허위로 적힌 세금계산서라고 보았습니다.

대법원도 최근 같은 취지를 다시 정리했습니다. 실제 거래를 한 사업자가 제3자의 사업자등록을 이용해 제3자 명의로 세금계산서를 발급했다면, 그 세금계산서는 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우에 해당하고, 공급받은 쪽이 명의위장을 몰랐다는 특별한 사정이 없는 한 매입세액은 공제되지 않는다고 했습니다(대법원 2025. 5. 29. 선고 2023두41314 판결). 제 견해로는 이 판결 이후 과세관청이 '실물은 있었다'는 항변을 더 가볍게 다룰 가능성이 큽니다. 실물 증명은 출발점일 뿐이고, 승부는 선의·무과실에서 납니다.

'실물이 없었다'와 '공급자가 달랐다'는 다른 싸움입니다

세무서의 경정 사유가 가공거래인지 위장거래인지부터 갈라 읽어야 합니다. 가공거래는 물건 자체가 오가지 않았다는 것이고, 위장거래는 물건은 오갔지만 공급자가 다르다는 것입니다. 앞의 경우라면 매입자는 실물 거래가 있었다는 점부터 다퉈야 하고, 뒤의 경우라면 선의·무과실이 핵심이 됩니다.

여기서 놓치기 쉬운 점이 증명책임의 배분입니다. 세금계산서가 사실과 다르다는 점은 과세관청이 증명해야 합니다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결). 매입자가 선의·무과실을 증명해야 하는 것은 그다음 단계입니다. 그래서 세무서가 내세운 사정이 '그 매입처가 실제 공급자가 아니다'라는 데까지 이르는지부터 따져야 하고, 제 견해로는 이 첫 단계에서 과세관청의 증명이 약한 사건이 생각보다 많습니다.

반대로 실물이 오간 것처럼 보였는데도 거래 구조 전체가 꾸며진 것으로 드러나면 1심 승소도 뒤집힙니다. 수원지방법원 2018. 9. 4. 선고 2016구합61830 판결은 알루미늄 잉고트 유통회사에 대한 4개 과세기간 부가가치세 부과처분을 모두 취소했습니다. 선취화물보증서와 물품확인증으로 물건이 인도됐고 대금결제도 있었다는 이유였습니다. 그러나 항소심인 서울고등법원 2019. 8. 22. 선고 2018누64308 판결은 1심을 취소하고 청구를 기각했습니다. 매입자 자신이 자금이 급한 업체들 명의로 수입신용장을 열게 하고 수수료를 떼고 현금을 내주는 방식으로 알루미늄 수입을 주도한 실질 수입업자였고, 중간 업체를 거쳐 샀다는 세금계산서의 기재는 허위라고 본 것입니다. 이 경우 선의·무과실은 처음부터 성립하지 않습니다.

선의·무과실은 매입자가 증명하지만, 조사의무까지 지는 것은 아닙니다

법원이 매입자에게 요구하는 것은 '몰랐고, 모른 데 과실이 없었다'는 증명이지 거래처의 실체를 끝까지 추적하는 일이 아닙니다. 공급자가 위장된 세금계산서는 공급받는 자가 명의위장 사실을 알지 못했고 알지 못한 데 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 매입세액을 공제받을 수 없고, 그 사정은 공제를 주장하는 자가 증명해야 한다는 것이 대법원의 확립된 법리입니다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결, 대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두42001 판결, 대법원 2011. 12. 27. 선고 2011두22228 판결).

동시에 법원은 매입세액을 부담한 사업자에게 상대방이 위장사업자인지 적극적으로 조사할 의무까지 있는 것은 아니라고 봅니다. 거래적격자인지 판단하려고 자료를 모으는 과정에서 드러난 사실관계에 비추어 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있어야만 과실이 있다는 것입니다(대법원 1997. 9. 30. 선고 97누7660 판결). 실제 거래에서는 상대방이 명의위장업체라는 사실을 알기 어려운 경우가 많고, 부가가치세는 최종 소비자가 부담하는 세금이라는 점을 생각하면 당연한 기준입니다.

아래 판결들이 실제로 따진 사정을 모아 보면 일곱 가지로 정리됩니다. 거래를 시작한 경위와 매입자의 경력, 공급자에게서 받은 서류와 송금 상대방, 사업장 확인 여부, 거래기간과 규모, 거래단가, 계량증명서의 정확성과 운송 확인, 형사사건의 처리 결과입니다. 제 견해로는 이 일곱 항목이 그대로 소명 자료 목록이 됩니다. 세무조사 단계에서 이 순서대로 자료를 묶어 내는 것이 가장 설득력이 있습니다.

선의·무과실이 인정돼 처분이 취소된 판결 — 무엇을 남겨 두었나

처분이 취소된 판결들의 공통점은 거래 시작 무렵에 이미 확인 흔적을 남겨 두었다는 것입니다. 사건이 터진 뒤에 만든 자료가 아니라 거래 당시의 자료가 결론을 바꿨습니다.

서울고등법원 2024. 1. 11. 선고 2022누71334 판결이 가장 자세합니다. 제련회사에 고철을 납품하는 1차 벤더 회사가 중간도매상들로부터 고철을 샀는데, 그 도매상들이 명의위장업체로 드러나 2016년 2기부터 2019년 2기까지 부가가치세가 경정됐습니다. 2019년 1기분만 9억 2,624만여 원이었습니다. 1심인 인천지방법원 2022. 11. 25. 선고 2021구합57616 판결은 회사의 청구를 기각했지만, 항소심은 1심을 취소하고 부가가치세와 법인세 부과처분을 모두 취소했고 그대로 확정됐습니다. 항소심이 든 사정은 이렇습니다. 직원이 거래 전에 매입처 사업장과 야적장을 직접 방문해 사진을 찍고, 대표자 명함과 사업자등록증과 철스크랩 전용계좌 사본을 받았으며, 국세청 홈페이지로 정상 사업자인지 조회했습니다. 고철은 제련회사로 직송됐고 제련회사가 발행한 계량표와 입고명세로 품목·차량번호·중량이 확인됐습니다. 부가가치세는 매입자 납부특례에 따라 전용계좌로 들어가 국고에 귀속됐고, 대금이 되돌아온 정황도 없었습니다. 그 매입처와의 거래 이익률은 회사 평균보다 오히려 낮았습니다. 대표이사는 허위세금계산서 관련 특정범죄가중처벌법 위반 혐의에 대해 혐의없음 처분을 받았습니다.

서울고등법원 2017. 2. 3. 선고 2016누42908 판결도 같은 흐름입니다. 1심(의정부지방법원 2016. 4. 5. 선고 2015구합7109 판결)은 일부만 취소했지만, 항소심은 2011년 1기 6,187만여 원과 2기 7,106만여 원 부과처분까지 취소했고 판결은 확정됐습니다. 폐동을 사던 회사는 외주 임가공업체의 소개로 거래를 시작하면서 직원을 거래처 사무실에 보내 확인했고, 대표자들을 자기 사업장으로 불러 사업자등록증 사본, 거래통장 사본, 명함을 받았습니다. 폐동은 임가공업체로 직송시키면서 입고 때마다 운송차량과 적재물을 CCTV와 사진으로 남기게 했고, 계량증명서의 일자·품목·중량이 세금계산서와 일치했습니다.

소송 도중 세무서가 스스로 물러선 사건도 있습니다. 비철금속 제조업자가 공급자의 명함과 사업자등록증을 대조해 주소가 같은지 확인하고, 대금 대부분을 공급자의 사업용 계좌로 보냈으며, 융해업체 직원이 작성한 계근표에 계량일시·중량·차량번호·운송자·계량 사진이 남아 있던 사건에서, 1심(수원지방법원 2014구합60109)과 항소심(서울고등법원 2015누63076)은 모두 매입자의 손을 들어 주었습니다. 세무서는 상고한 뒤 원심 취지에 따라 처분을 스스로 모두 취소했고, 대법원은 취소할 처분이 없어져 소의 이익이 사라졌다며 원심판결을 파기하고 1심판결을 취소한 뒤 소를 각하하면서 소송총비용을 세무서장들에게 부담시켰습니다(대법원 2016. 10. 13. 선고 2016두43145 판결). 판결의 형식으로는 1·2심 판단이 남지 않았지만, 매입자는 처분 취소라는 결과를 얻은 셈입니다.

선의·무과실이 부정돼 처분이 유지된 판결 — 현금, 남의 계좌, 모르는 담당자

처분이 유지된 판결들에는 거래 당시 이미 이상 신호가 있었는데 매입자가 그냥 넘어갔다는 공통점이 있습니다. 법원은 그 신호를 놓친 것을 과실로 봅니다.

서울행정법원 2019. 5. 23. 선고 2018구합68926 판결이 대표적입니다. 화장품 도소매업자가 직권폐업된 업체 명의의 종이세금계산서를 받았는데, 거래명세서의 납품자, 현금수령증의 수령자, 카카오톡으로 주문한 상대방이 모두 세금계산서 명의자가 아닌 제3자였습니다. 대금 일부는 현금으로 줬고, 명의자 계좌로 입금하면서 통장 표시란에 실제 거래 상대방의 이름을 적었습니다. 법원은 매입자가 명의위장을 알았던 것으로 보인다고 했고, 설령 몰랐더라도 그 세금계산서가 그 기 매입의 큰 비중을 차지했고, 다른 세금계산서와 달리 종이로 발급됐으며, 상대방이 또 다른 사람들 명의 계좌로도 입금을 요구했으니 과실이 있다고 판단했습니다. 판결은 확정됐습니다.

의정부지방법원 2024. 12. 3. 선고 2023구합13260 판결은 금액이 크지 않은 사건도 같은 기준으로 판단된다는 점을 보여 줍니다. 건축자재 도매업자가 가설자재를 사면서 두 회사 명의로 공급가액 2,998만여 원과 2,884만여 원의 세금계산서를 받았고, 부가가치세 457만여 원과 434만여 원(가산세 포함)이 고지됐습니다. 매입자는 한 사람과 문자메시지로만 주문·배송·대금을 주고받았는데, 그 사람의 실명도 재직 여부도 몰랐습니다. 거래처 사업자등록증을 본 적도, 사업장을 방문한 적도 없었습니다. 한 사람과 거래하면서 두 회사에 대금을 나눠 보내고 두 회사 명의 세금계산서를 받은 것 자체가 의심할 정황이라고 법원은 보았습니다. 담당자는 이 업계에서는 실제 판매처가 세금계산서를 끊지 않고 이런 업체가 대신 발행하며, 입금되면 바로 현금으로 찾아 실제 판매처에 준다고 진술했습니다. 법원은 2015년부터 이 업을 해 온 매입자라면 그런 실태를 알 수 있었다고 했고, 판결은 확정됐습니다.

수원지방법원 2015. 10. 15. 선고 2015구합61642 판결은 건설 용역 사건입니다. 공장 신축을 9억 4,300만 원(부가가치세 별도)에 도급했는데 건설회사 대표는 공사대금의 3퍼센트를 수수료로 받는 조건으로 면허 없는 개인에게 건설업 면허를 빌려줬다고 진술했고, 법원은 실제 용역 제공자를 그 개인으로 보았습니다. 부가가치세 1억 6,767만여 원과 법인세 가산세 1,886만 원이 고지됐습니다. 매입자는 건설업등록증과 법인인감이 든 공사도급지명원을 받았지만, 거기 붙은 등기부와 기술자 명단에는 상대방이 없었고 위임장도 받지 않았습니다. 9억 원대 공사인데 회사 사무실이나 다른 현장을 확인하지 않았고, 다른 건설사보다 싸게 짓는다는 소문을 듣고 소개받았습니다. 무엇보다 매입자 스스로 "원도급은 그 회사와 했으나 실제 시공은 하도급업자와 그 사람이 했다"는 공사시공확인서를 써 둔 것이 결정적이었습니다. 회사 명의 계좌로 대금을 보냈다는 주장도 그 계좌를 실제 시공자가 관리했다는 이유로 받아들여지지 않았습니다.

같은 사건이 1심과 항소심에서 뒤집힌 이유

이 분야는 1심과 항소심의 결론이 자주 갈립니다. 선의·무과실은 법원 스스로 사실인정의 문제라고 말하는 만큼, 같은 증거를 어떤 무게로 읽느냐에 따라 결론이 달라지기 때문입니다. 그래서 1심에서 이겼다고 안심할 수 없고, 졌다고 포기할 일도 아닙니다.

가장 극적인 예가 앞서 본 인천지방법원 2013구합11332 판결과 그 항소심입니다. 1심은 고철 도매업을 시작한 지 6개월 남짓 된 매입자가 폭탄업체에서 차핑동 11,510kg을 1회 사들인 거래에 대해, 사업자등록증·대표자 인감증명서·명함·상호가 적힌 통장 사본을 확인했고, 단가 9,500원에 사서 곧바로 9,600원에 주요 매출처에 넘겼으니 정상 유통이라며 2011년 1기 부가가치세 1,862만여 원 부과처분을 취소했습니다. 그런데 서울고등법원 2015. 1. 15. 선고 2014누54235 판결은 1심을 취소하고 청구를 기각했고 판결은 확정됐습니다. 처음 거래하는 업체에서 1억 원이 넘는 물건을 받으면서 사업장을 가 보지 않았고, 소개해 준 동종업자가 누구인지 끝내 밝히지 못했으며, 폐동은 늘 공급이 모자라는데 멀리 떨어진 신규 업체가 공급했다는 것 자체가 의심할 만한 사정이라고 보았습니다. 판결 이유에는 매입자가 세무조사 때 "사업을 시작한 지 얼마 안 돼 물건만 오면 문제가 없는 줄 알고 실제 사업자 확인을 소홀히 했다"는 취지로 진술한 사실도 과실 판단 사정으로 그대로 적혔습니다.

반대 방향도 있습니다. 앞서 본 인천지방법원 2021구합57616 판결은 매입자의 청구를 기각했지만, 서울고등법원 2022누71334 판결은 같은 사건에서 처분을 모두 취소했습니다. 항소심은 같은 매입처와 거래한 다른 업체들의 판결도 비교했습니다. 사업장 확인 조치를 하지 않았고 실제 거래도 증명하지 못한 업체는 진 판결(광주고등법원 2023. 6. 28. 선고 (전주)2022누1666 판결)이 확정됐고, 조사 과정에서 명의위장을 알 수 있었던 정황이 드러난 업체도 졌다(대전고등법원 2021. 9. 29. 선고 (청주)2021누50049 판결)고 정리하면서, 이 사건은 그와 다르다고 했습니다. 같은 자료상과 거래했어도 매입자마다 결론이 다르다는 뜻입니다.

제 견해로는 항소심에서 결론을 바꾸려면 1심이 문제 삼은 사정을 하나씩 업계 관행과 객관 자료로 반박해야 합니다. 2022누71334 판결은 매입자가 다른 정상 업체와 거래할 때도 직송 방식을 썼다는 참고자료와, 같은 기간 다른 업체에도 같거나 비슷한 단가를 적용했다는 거래 자료를 근거로 1심의 의심을 걷어 냈습니다.

판결을 가른 여섯 가지 — 경위, 서류와 계좌, 사업장, 단가, 물류 증빙, 진술

판결들을 나란히 놓으면 결론을 가른 요소가 여섯 가지로 모입니다. 고지서를 받은 분이라면 이 순서대로 자기 거래를 점검해 보시기를 권합니다.

1. 거래를 시작한 경위 — 누가 소개했는지 구체적으로 말할 수 있어야 합니다. 임가공업체 소개(2016누42908)는 유리하게, 소개자를 밝히지 못한 경우(2014누54235)와 싸게 짓는다는 소문(2015구합61642)은 불리하게 읽혔습니다.

2. 받아 둔 서류와 대금 계좌 — 사업자등록증, 대표자 명함, 세금계산서 명의와 같은 이름의 통장 사본이 기본입니다. 대금은 그 계좌로 보내야 합니다. 현금 지급이나 제3자 계좌 입금(2018구합68926)은 거의 그대로 과실로 이어졌습니다.

3. 사업장과 설비 확인 — 고액 거래인데 사업장을 한 번도 가 보지 않았다면 불리합니다(2014누54235, 2015구합61642). 방문 사진이나 야적장 확인 기록이 있으면 강력합니다(2022누71334).

4. 단가와 이익 — 시세보다 현저히 싸지 않았고, 그 거래에서 특별히 더 남기지 않았다는 점을 단가표로 보여 주면 동기가 없었다는 논리가 섭니다(2022누71334 판결은 그 매입처와의 거래 이익률이 회사 평균보다 낮았다는 점을 유리하게 보았습니다).

5. 제3자가 만든 물류 증빙 — 거래 당사자가 아닌 제련회사·임가공업체·창고가 발행한 계량표와 입고명세, 차량번호가 찍힌 사진이 가장 무게가 있습니다. 공급자가 건넨 거래명세서만으로는 약합니다.

6. 세무조사 때의 진술 — 조사 단계의 문답서는 소송에서 그대로 증거가 됩니다. "확인을 소홀히 했다"는 말 한마디(2014누54235), 명함을 받았다가 안 받았다고 바꾼 진술(2015구합61642)이 판결 이유에 그대로 남았습니다.

업종의 관행은 양쪽으로 작용합니다

고철·폐동처럼 자료상 거래가 흔한 업종에서는 업계 관행이 매입자에게 유리하게도 불리하게도 쓰입니다. 어느 쪽으로 읽히느냐는 그 관행을 누가 먼저 구체적으로 설명하느냐에 달려 있습니다.

유리하게 쓰인 쪽은 직송 관행입니다. 서울고등법원 2022누71334 판결은 고철이 중간도매상에서 제련회사로 곧바로 운송되는 관행상 매입 경로를 일일이 확인하지 않았다는 사정만으로 과실을 추단할 수 없다고 보았고, 서울고등법원 2016누42908 판결도 폐동 직송 관행을 들어, 일부 거래처의 사업장 현황이나 대금의 현금 인출 여부까지 일일이 확인하지 않았다고 과실을 단정할 수 없다고 했습니다.

불리하게 쓰인 쪽은 업계에 자료상이 많다는 사실 그 자체입니다. 서울고등법원 2014누54235 판결은 국내 고철업계에 상당히 존재하는 자료상 거래의 실태를 판단 요소로 들었고, 의정부지방법원 2023구합13260 판결은 가설자재 업계의 무자료 유통 구조를 매입자가 알 수 있었다고 보았습니다. 제 견해로는 경력이 길수록 "업계를 잘 알았으니 의심했어야 한다"는 논리에 노출되므로, 오래 업을 해 온 회사일수록 거래처 검증 절차를 문서로 갖추어 두었다는 점을 보여 주는 것이 중요합니다.

가산세는 본세와 따로 다툴 수 있습니다 — 정당한 사유와 부과제척기간

본세를 다투기 어렵더라도 가산세는 별도로 다툴 여지가 남습니다. 국세기본법 제48조 제1항 제2호는 납세자가 의무를 이행하지 않은 데 정당한 사유가 있으면 가산세를 부과하지 않는다고 정합니다. 법원은 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었거나 이행을 기대하는 것이 무리였던 사정이 있으면 정당한 사유를 인정합니다(대법원 2005. 4. 15. 선고 2003두4089 판결, 대법원 2022. 1. 14. 선고 2017두41108 판결).

이 사건 유형에서 정당한 사유는 사실상 선의·무과실과 함께 움직입니다. 서울고등법원 2022누71334 판결은 법인세 증명서류 수취불성실 가산세에 대해 명의위장에 관한 선의·무과실이 정당한 사유의 주요 판단 근거가 된다고 하면서 법인세 부과처분까지 함께 취소했습니다. 반대로 수원지방법원 2015구합61642 판결은 실제 시공자가 다르다는 사실을 알았거나 과실로 몰랐으니 정당한 사유가 없다며 부가가치세와 법인세 가산세를 모두 유지했습니다.

가산세의 종류도 확인해야 합니다. 부가가치세법 제60조 제3항 제4호는 재화를 공급받고 실제 공급자가 아닌 자 명의의 세금계산서를 받으면 공급가액의 2퍼센트를, 제2호는 재화를 공급받지 않고 세금계산서를 받으면 3퍼센트를 가산세로 정합니다. 과소신고가산세는 부정행위로 인한 경우 40퍼센트, 그 밖의 경우 10퍼센트입니다(국세기본법 제47조의3 제1항). 실물이 있었는데 가공거래 3퍼센트나 부정과소신고 40퍼센트가 매겨졌다면 그 부분부터 다툴 수 있습니다.

부과제척기간도 따져야 합니다. 국세기본법 제26조의2 제1항은 원칙을 5년으로 정하고, 제2항 제2호는 부정행위로 국세를 포탈하거나 공제받은 경우 10년, 제3호는 부정행위로 부가가치세법 제60조 제3항 등의 가산세 대상이 된 경우 그 가산세에 10년을 적용합니다. 대법원은 본세에 10년을 적용하려면 조세포탈 목적이나 조세수입 감소에 대한 인식이 필요하지만, 세금계산서 관련 가산세의 10년은 본세 포탈 여부와 상관없이 부정행위로 가산세 대상이 되면 적용된다고 했습니다(대법원 2025. 5. 29. 선고 2023두41314 판결). 제 견해로는 선의의 매입자라면 본세에 10년을 적용할 근거가 약하므로, 5년이 지난 과세기간이 고지서에 섞여 있다면 반드시 짚어야 합니다.

세무조사 통지부터 소송까지 — 시한으로 본 대응 순서

이 사건은 시한을 놓치면 내용이 아무리 좋아도 다툴 수 없게 됩니다. 국세에 대한 불복은 행정심판법이 아니라 국세기본법의 절차를 따르고, 소송 전에 반드시 심사청구나 심판청구를 거쳐야 합니다(국세기본법 제56조 제1항·제2항). 순서는 다음과 같습니다.

1. 거래처 세무조사와 과세자료 파생 — 대부분의 사건은 거래처 관할 지방국세청이 거래처를 조사해 가공·위장거래로 확정한 뒤, 그 자료를 매입자 관할 세무서에 통보하면서 시작됩니다. 매입자가 거래처의 고발이나 폐업 소식을 들었다면 이때부터 자료를 모아야 합니다.

2. 과세예고통지와 소명 — 세무조사에서 확인된 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료로 과세할 때는 미리 과세예고통지를 해야 합니다(국세기본법 제81조의15 제1항 제2호). 이 단계의 소명서와 문답서가 소송까지 따라옵니다.

3. 과세전적부심사 — 통지를 받은 날부터 30일 이내에 청구할 수 있고, 결정은 원칙적으로 30일 이내에 통지됩니다(같은 조 제2항·제4항). 고지 전에 처분을 막을 수 있는 유일한 기회입니다.

4. 고지 뒤 이의신청·심사청구·심판청구 — 처분 통지를 받은 날부터 90일 이내입니다(국세기본법 제61조 제1항, 제66조 제6항, 제68조 제1항). 이의신청은 선택이고(제55조 제3항), 심사청구와 심판청구는 같은 처분에 중복해 낼 수 없습니다(제55조 제9항). 이 글에서 본 판결들은 대부분 조세심판원 심판청구를 거쳐 소송으로 왔습니다.

5. 집행정지 — 불복을 제기해도 고지된 세금의 집행은 멈추지 않는 것이 원칙입니다. 재결청은 중대한 손해를 막기 위해 긴급하다고 인정하면 집행정지를 결정할 수 있고(국세기본법 제57조 제1항), 소송 단계에서는 회복하기 어려운 손해를 예방할 긴급한 필요가 있을 때 법원이 집행정지를 결정할 수 있습니다(행정소송법 제23조 제2항). 압류가 사업을 멈추게 할 정도라면 함께 검토합니다.

6. 행정소송 — 심사·심판청구 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기해야 하고, 이 기간은 불변기간입니다(국세기본법 제56조 제3항·제6항). 결정기간 안에 결정이 오지 않으면 그 기간이 지난 날부터 소송을 낼 수 있습니다.

실무에서 가장 아쉬운 장면은 과세예고통지 단계에서 "어차피 심판에서 다투면 된다"며 짧은 해명서만 내는 경우입니다. 조세심판원은 서면 심리가 중심이고, 행정소송에서도 법원은 세무조사 당시의 진술을 무겁게 봅니다. 제 견해로는 이 사건의 승부는 사실상 과세예고통지를 받은 뒤 30일 안에 어떤 자료를 어떤 순서로 내느냐에서 절반이 정해집니다.

형사 고발이 함께 오면 — 조세범 처벌법과 행정소송의 관계

거래처가 자료상으로 고발되면 매입자도 함께 고발되는 경우가 적지 않습니다. 조세범 처벌법 제10조 제2항 제1호는 세금계산서를 발급받아야 할 자가 통정해 거짓으로 기재한 세금계산서를 받은 경우 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 세율을 적용한 세액의 2배 이하 벌금을, 제3항 제1호는 재화를 공급받지 않고 세금계산서를 받은 경우 3년 이하의 징역 또는 세액의 3배 이하 벌금을 정합니다. 형사 사건은 '통정'이나 '가공'을 검사가 증명해야 하므로, 선의의 매입자는 혐의없음으로 끝나는 경우가 많습니다.

혐의없음 처분은 행정소송에서 유리한 자료가 됩니다. 서울고등법원 2016누42908 판결과 2022누71334 판결은 모두 매입자 측의 혐의없음 처분을 선의·무과실 판단 사정으로 들었습니다. 그러나 결정적이지는 않습니다. 서울고등법원 2014누54235 판결은 혐의없음 처분은 범죄 혐의를 인정할 증거가 충분하지 않다는 것일 뿐, 명의위장을 알지 못한 데 과실이 없다는 점까지 인정한 것은 아니라고 했습니다. 형사에서 '고의가 없었다'는 것과 행정에서 '과실도 없었다'는 것은 문턱이 다릅니다.

제 견해로는 형사 조사와 세무 소명을 따로 대응하면 진술이 엇갈리는 위험이 큽니다. 수사기관에서 한 말과 세무서에 낸 소명이 어긋나면, 법원은 그 엇갈림 자체를 신빙성 문제로 봅니다. 두 절차를 한 사람이 같은 자료로 함께 끌고 가는 것이 안전합니다.

판결에 남은, 하면 안 되는 대응

판결문에는 매입자에게 불리하게 작용한 행동이 구체적으로 남아 있습니다. 다음은 피해야 할 것들입니다.

• 세무조사 때 '확인 소홀'을 인정하는 진술 — 사정을 솔직히 말한다는 생각으로 한 말이 과실의 자백이 됩니다(서울고등법원 2014누54235 판결).

• 진술을 나중에 바꾸는 것 — 명함을 받았다고 했다가 조사 문답서가 나오자 받은 적이 없다고 번복한 것이 판결 이유에 그대로 적혔습니다(수원지방법원 2015구합61642 판결).

• 실제 거래 상대가 따로 있다는 서면을 써 주는 것 — 거래처의 요청으로 써 준 공사시공확인서가 명의위장을 알았다는 증거가 됐습니다(같은 판결).

• 현금 지급과 통장 표시란 메모 — 명의자 계좌에 입금하면서 실제 상대방 이름을 적은 기록이 '알았다'는 근거가 됐습니다(서울행정법원 2018구합68926 판결).

• 사건이 터진 뒤 만든 확인서만 내는 것 — 법원은 거래 당시의 자료를 봅니다. 사후에 받은 거래처 확인서보다 당시의 계량표 한 장이 낫습니다.

• "물건을 받았으니 끝"이라는 주장에만 기대는 것 — 실물은 출발점일 뿐이고, 선의·무과실을 따로 증명하지 않으면 집니다(인천지방법원 2013구합11332 판결의 항소심 결론).

이 경우는 소송까지 갈 실익이 크지 않습니다

모든 고지서를 소송으로 끌고 갈 일은 아닙니다. 솔직하게 말씀드리면 다음과 같은 경우는 비용 대비 실익을 먼저 따져 봐야 합니다.

• 대금 상당 부분을 현금이나 세금계산서 명의자가 아닌 사람의 계좌로 줬고, 그 경위를 설명할 객관 자료가 없는 경우입니다.

• 거래 상대방의 실명이나 소속을 몰랐고, 사업자등록증도 받지 않았으며, 사업장을 확인한 기록이 전혀 없는 경우입니다(의정부지방법원 2023구합13260 판결과 같은 구조).

• 세무조사 문답에서 이미 명의위장을 알았다는 취지로 진술했고, 그 진술을 뒤집을 자료가 없는 경우입니다.

• 고지세액이 수백만 원 수준이고 다툴 쟁점이 선의·무과실 하나뿐인 경우입니다. 이때는 가산세 감면이나 부과제척기간처럼 법리로 정리되는 부분만 골라 심판청구 단계에서 다투는 편이 현실적입니다.

반대로 고지세액이 수천만 원을 넘고, 거래 당시의 서류·계좌·물류 증빙이 남아 있으며, 1심에서 졌더라도 업계 관행으로 설명할 수 있는 사정이 있다면 끝까지 다퉈 볼 가치가 있습니다. 앞의 판결들이 보여 주듯 항소심에서 결론이 바뀌는 일이 드물지 않습니다.

자주 묻는 질문

거래처가 자료상이라는데 저는 물건을 진짜 받았습니다. 그래도 세금을 내야 하나요?

그럴 수 있습니다. 공급자 명의가 실제 공급자와 다르면 실물을 받았어도 사실과 다른 세금계산서가 되어 매입세액이 불공제됩니다(부가가치세법 제39조 제1항 제2호). 다만 명의위장을 몰랐고 모른 데 과실이 없었다는 점을 증명하면 공제받을 수 있습니다(대법원 2002두2277 판결). 거래 당시의 서류와 계좌, 계량표부터 모아 두십시오.

사업자등록증만 확인했으면 선의·무과실로 인정되나요?

그것만으로는 부족한 경우가 많습니다. 서울고등법원 2014누54235 판결은 사업자등록증과 대표자 신분증을 확인했어도 처음 거래하는 원거리 업체에서 고액 물건을 받으면서 사업장을 가 보지 않은 것을 과실로 보았습니다. 사업장 확인, 같은 명의 계좌 송금, 제3자 발행 물류 증빙이 함께 있어야 힘이 생깁니다.

폭탄업체와 딱 한 번 거래했는데도 불공제되나요?

될 수 있습니다. 인천지방법원 2013구합11332 사건은 1회 거래였고 1심은 매입자 손을 들어 줬지만, 항소심은 소개 경위가 불분명하고 사업장을 확인하지 않았다며 처분을 유지했습니다(서울고등법원 2014누54235 판결). 거래 횟수보다 거래 당시 의심할 사정이 있었는지가 기준입니다.

매입세액 불공제 고지를 받았는데 가산세도 다툴 수 있나요?

다툴 수 있습니다. 국세기본법 제48조 제1항 제2호의 정당한 사유가 인정되면 가산세는 부과되지 않고, 이 유형에서는 선의·무과실이 그 판단 근거가 됩니다(서울고등법원 2022누71334 판결). 실물 거래였는데 가공거래 가산세 3퍼센트나 부정과소신고가산세 40퍼센트가 매겨졌다면 그 부분도 따로 다툴 대상입니다.

5년이 넘은 과세기간까지 고지가 나왔는데 괜찮은 건가요?

따져 봐야 합니다. 부과제척기간은 원칙이 5년이고, 10년은 부정행위로 포탈하거나 공제받은 경우에 적용됩니다(국세기본법 제26조의2). 대법원은 본세의 10년에는 조세포탈 목적이나 세수 감소 인식이 필요하다고 했습니다(대법원 2023두41314 판결). 선의의 매입자에게 10년이 적용됐다면 다툴 여지가 있습니다.

과세예고통지를 받았는데 무엇부터 해야 하나요?

통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있으니 그 기간 안에 소명 자료를 정리해야 합니다(국세기본법 제81조의15 제2항). 거래 시작 경위, 받아 둔 서류, 대금 계좌, 단가 비교, 계량표·입고명세, 거래처 방문 기록 순으로 묶는 것이 좋습니다. 이 단계의 소명서가 소송까지 그대로 쓰입니다.

조세심판원에서 기각되면 소송은 언제까지 내야 하나요?

심판청구 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 행정소송을 내야 하고, 이 기간은 불변기간입니다(국세기본법 제56조 제3항·제6항). 심판청구를 거치지 않고 곧바로 소송을 낼 수는 없습니다(같은 조 제2항). 심판 결정문이 도착한 날을 반드시 기록해 두십시오.

저도 조세범 처벌법으로 고발됐는데 혐의없음이 나오면 행정소송에서 이기나요?

유리한 자료가 되지만 그것만으로 이기지는 못합니다. 서울고등법원 2016누42908 판결과 2022누71334 판결은 혐의없음 처분을 유리한 사정으로 들었지만, 2014누54235 판결은 불기소가 과실이 없다는 점까지 인정한 것은 아니라고 했습니다. 형사와 행정의 증명 대상이 다르다는 점을 염두에 두어야 합니다.

이 글에서 인용한 판결과 법령

• 대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결 — 공급자 명의위장 시 선의·무과실 증명책임은 매입세액 공제를 주장하는 자에게 있음

• 대법원 1997. 9. 30. 선고 97누7660 판결 — 매입자에게 위장사업자 여부의 적극적 조사의무는 없고, 의심할 만한 충분한 사정이 있어야 과실

• 대법원 2025. 5. 29. 선고 2023두41314 판결 — 제3자 명의 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서, 본세와 세금계산서 관련 가산세의 장기 부과제척기간 요건

• 대법원 2016. 10. 13. 선고 2016두43145 판결 — 상고 후 처분 직권취소로 소의 이익 소멸, 소 각하·소송총비용 과세관청 부담

• 대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결, 대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결, 대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두42001 판결, 대법원 2011. 12. 27. 선고 2011두22228 판결, 대법원 2005. 4. 15. 선고 2003두4089 판결, 대법원 2022. 1. 14. 선고 2017두41108 판결 — 하급심 판결에 인용된 법리

• 서울고등법원 2024. 1. 11. 선고 2022누71334 판결 — 1심(인천지방법원 2021구합57616) 취소, 고철 1차 벤더의 선의·무과실 인정해 부가가치세·법인세 부과처분 전부 취소(확정)

• 서울고등법원 2017. 2. 3. 선고 2016누42908 판결 — 1심(의정부지방법원 2015구합7109) 일부 변경, 폐동 매입자 선의·무과실 인정(확정)

• 수원지방법원 2014구합60109 → 서울고등법원 2015누63076 — 비철금속 매입자 청구 인용·항소기각, 상고 뒤 세무서 직권취소로 대법원 2016두43145 판결이 1심판결 취소·소 각하

• 인천지방법원 2014. 6. 12. 선고 2013구합11332 판결 — 폭탄업체와의 1회 거래, 1심 처분 취소 → 서울고등법원 2015. 1. 15. 선고 2014누54235 판결로 1심 취소·청구 기각(확정)

• 수원지방법원 2018. 9. 4. 선고 2016구합61830 판결 — 알루미늄 거래 처분 전부 취소 → 서울고등법원 2019. 8. 22. 선고 2018누64308 판결로 1심 취소·청구 기각(확정)

• 서울행정법원 2019. 5. 23. 선고 2018구합68926 판결 — 현금 지급·제3자 계좌·종이세금계산서, 선의·무과실 부정(확정)

• 의정부지방법원 2024. 12. 3. 선고 2023구합13260 판결 — 가설자재 거래, 담당자 실명 미확인·두 회사 명의 세금계산서, 선의·무과실 부정(확정)

• 수원지방법원 2015. 10. 15. 선고 2015구합61642 판결 — 면허대여 건설사 명의 세금계산서, 선의·무과실과 가산세 정당한 사유 부정(확정)

• 광주고등법원 2023. 6. 28. 선고 (전주)2022누1666 판결, 대전고등법원 2021. 9. 29. 선고 (청주)2021누50049 판결 — 같은 매입처와 거래한 다른 업체의 선의·무과실 부정(서울고등법원 2022누71334 판결에 인용된 내용)

• 법령 — 부가가치세법 제32조 제1항, 제39조 제1항 제2호, 제60조 제3항 / 국세기본법 제26조의2, 제47조의3, 제48조 제1항, 제55조, 제56조, 제57조, 제61조, 제66조, 제68조, 제81조의15 / 행정소송법 제23조 / 조세범 처벌법 제10조

법무법인 도모는 이 사건을 이렇게 진행합니다

첫 상담에서 확인하는 것

첫 상담에서는 고지서나 과세예고통지서의 날짜부터 확인합니다. 과세전적부심사 30일, 심판청구 90일, 제소 90일 가운데 지금 어느 시계가 돌고 있는지가 모든 판단의 출발점이기 때문입니다. 그다음 세무서가 문제 삼은 사유가 실물이 없었다는 가공거래인지, 공급자가 달랐다는 위장거래인지를 통지서 문구로 가려냅니다. 이어서 거래를 시작한 경위와 소개자, 받아 둔 사업자등록증·명함·통장 사본, 대금이 간 계좌, 단가표, 계량표나 입고명세 같은 제3자 발행 물류 증빙이 남아 있는지 하나씩 확인합니다. 세무조사 문답서나 수사기관 진술이 이미 있다면 그 내용도 먼저 받아 봅니다. 거래처가 고발됐다는 소식만 듣고 아직 통지를 받지 않은 단계라면, 그 시점에 남아 있는 카카오톡·문자·송금 내역과 계량표를 먼저 보전하는 방법부터 안내합니다. 마지막으로 고지세액과 가산세의 종류, 과세기간별 부과제척기간을 따져 소송까지 갈 실익이 있는지 솔직하게 말씀드립니다.

김강희 변호사의 대응 방식

저는 이 사건을 과세예고통지 단계에서 승부가 절반 난다고 봅니다. 그래서 소명서를 판결의 판단 기준 순서대로 씁니다. 거래 경위, 서류와 계좌, 사업장 확인, 단가와 이익, 물류 증빙, 형사 처리 결과를 항목별로 묶고, 각 항목마다 거래 당시에 만들어진 자료를 붙입니다. 같은 업종에서 정상 업체와도 같은 방식으로 거래해 왔다는 비교 자료, 다른 매입처에 적용한 단가표처럼 업계 관행을 객관적으로 보여 주는 자료를 함께 냅니다. 형사 고발이 함께 진행되면 세무 소명과 수사 진술이 어긋나지 않도록 한 흐름으로 관리합니다. 본세를 다투기 어려운 사안이라면 가산세의 종류와 정당한 사유, 부과제척기간처럼 법리로 정리되는 부분을 따로 떼어 다툽니다.

함께할 때 결과가 달라지는 이유

판결들을 보면 이긴 회사와 진 회사의 차이는 거래 당시 남긴 자료의 양보다 그 자료를 어떤 논리로 엮었느냐에 있었습니다. 같은 사업자등록증 한 장도 사업장 방문 사진, 같은 명의 계좌 송금, 제3자 계량표와 함께 놓이면 '확인 절차를 거친 거래'가 되고, 혼자 놓이면 '형식적 확인'으로 읽힙니다. 세무조사 단계에서 무심코 한 진술이 몇 년 뒤 판결 이유에 그대로 남는 것도 이 분야의 특징입니다. 처음부터 소송까지 내다보고 진술과 자료를 설계하면, 1심에서 지더라도 항소심에서 결론을 바꿀 재료가 남습니다. 저희는 형사와 조세 행정을 함께 다루어 왔기 때문에 고발과 경정고지가 동시에 오는 사건에서도 두 절차를 한 전략으로 묶어 대응할 수 있습니다.

법무법인 도모가 함께하겠습니다

거래처가 자료상으로 드러났다는 연락을 받으면 대부분 억울함부터 앞섭니다. 물건을 받고 값을 치렀는데 세금을 또 내라는 것이니 당연한 감정입니다. 그러나 이 사건은 감정이 아니라 거래 당시의 자료와 시한으로 승부가 납니다. 과세예고통지를 받았거나 고지서가 나왔다면, 남아 있는 서류부터 정리해 두시고 기간이 지나기 전에 전문가와 함께 소명 방향을 정하시기를 권합니다.

법무법인 도모는 매입세액 불공제와 가산세, 조세범 처벌법 고발이 함께 걸린 사건에서 과세전적부심사부터 심판청구와 행정소송까지 한 흐름으로 대응합니다. 지금 어느 단계에 계시든 고지서와 거래 자료를 가지고 법무법인 도모로 문의해 주십시오. 다툴 수 있는 부분과 그렇지 않은 부분을 솔직하게 가려 드리겠습니다.

수원·경기 남부에서 상담이 필요하시다면

법무법인 도모는 수원 광교에 사무소를 둔 로펌입니다. 수원지방법원·수원지방검찰청과 가까운 광교중앙로에 자리하고 있으며, 수원·용인·화성·성남·오산·평택 등 경기 남부 전역의 손해배상·대여금·계약 분쟁 등 민사 사건을 맡고 있습니다. 대표변호사를 포함한 8인의 변호사가 사건을 직접 담당합니다.

수원지방법원에 소송을 제기하시거나 소장을 받으셨다면 첫 서면이 사건의 틀을 정합니다. 자료를 정리해 오시면 첫 상담에서 사건의 방향과 다음 단계를 함께 짚어 드립니다. 수원 법무법인 도모로 문의해 주시기 바랍니다.