비상장회사 주식을 사고팔기로 했다면 — 주식양수도계약서(SPA)의 대금·거래종결·이행보증금 조항과 세금 함정까지

동업하던 회사의 지분을 정리하거나, 거래처 대표에게서 회사를 통째로 사들이거나, 투자자에게 구주를 넘기기로 하고 주식양수도계약서 초안을 받아 든 분들이 가장 먼저 하는 생각은 금액과 날짜만 맞으면 된다는 것입니다. 그러나 비상장 중소기업 주식 거래에서 법원까지 가는 분쟁은 대개 네 곳에서 터집니다. 주식이 제대로 넘어오지 않는 문제, 대금과 거래종결 조건이 흐릿한 문제, 계약금과 이행보증금을 누가 가져가느냐는 문제, 그리고 거래가 끝난 뒤 날아오는 세금입니다. 결론부터 말씀드리면 이 네 가지는 거의 전부 계약서 문구로 미리 막을 수 있고, 실제 판결도 문구를 구체적으로 적어 둔 쪽의 손을 들어 주었습니다. 주식양수도계약이란, 주주가 가진 주식을 상대방에게 이전하고 상대방이 그 대금을 지급하기로 하는 매매계약(민법 제563조)으로, 주식은 상법 제335조 제1항에 따라 원칙적으로 자유롭게 양도할 수 있되 회사가 정관으로 이사회 승인을 받도록 제한할 수 있습니다. 다만 '위약벌'이라고 적은 이행보증금도 법원이 손해배상 예정으로 보아 절반까지 깎은 판결이 여럿 있고, 지분 50퍼센트를 넘겨 사는 순간 회사 부동산에 대한 취득세가 매수인에게 따로 부과됩니다. 아래에서는 주권이 없는 회사의 주식이 넘어가는 방법, 정관상 이사회 승인과 주주 사이 동의 조항, 잠정대금 정산과 성과연동 대금, 선행조건과 거래종결, 이행보증금 감액, 대금 미지급과 해제, 양도소득세와 과점주주 취득세, 제2차 납세의무까지 실제 판결을 근거로 짚어 보겠습니다. 인수 뒤 숨은 부채가 드러났을 때의 진술·보장 책임은 이 시리즈의 숨은 부채편에서 따로 다룹니다.

핵심만 먼저 정리하면

1. 주권이 없는 회사의 주식은 어떻게 넘어오나 — 회사 성립 후 6개월이 지났다면 계약만으로 넘어오지만(상법 제335조 제3항), 이중양도에 대비하려면 확정일자 있는 증서로 회사에 통지해야 합니다. 서울동부지방법원 2020. 1. 17. 선고 2018가합108498 판결은 27억여 원 대여금의 담보로 주식매매계약서를 받아 두고 회사에 통지하지 않은 채권자가, 나중에 같은 주식을 넘겨받아 확정일자 있는 통지와 명의개서까지 마친 제3자에게 대항할 수 없다고 보았습니다.

2. '위약벌'이라고 쓰면 이행보증금이 전액 몰취되나 — 그렇지 않습니다. 위약금은 손해배상액의 예정으로 추정되고(민법 제398조 제4항), 위약벌로 보려면 특별한 사정이 증명되어야 합니다(대법원 2016. 7. 14. 선고 2012다65973 판결). 서울고등법원 2018. 8. 17. 선고 2018나2008772 판결은 "위약벌로 귀속된다"고 적힌 이행보증금 16억 7,500만 원을 손해배상 예정으로 보고 절반으로 줄였습니다.

3. 지분 50퍼센트를 넘겨 사면 세금이 더 나오나 — 그렇습니다. 주식 취득으로 과점주주가 되면 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보아 취득세를 냅니다(지방세법 제7조 제5항). 수원지방법원 2026. 4. 30. 선고 2025구합61183 판결은 49.5퍼센트를 가진 대표가 5.5퍼센트를 더 사 55퍼센트가 되자 법인 건물·차량 장부가액의 55퍼센트를 과세표준으로 한 취득세 등 7,756만여 원의 부과를 적법하다고 보았습니다.

주권이 있는 회사와 없는 회사, 주식이 넘어가는 방법부터 다릅니다

계약서 첫 조항에서 확인할 것은 대상회사가 주권을 발행했는지입니다. 주권을 발행한 회사라면 주식의 양도에는 주권을 교부해야 하고, 주권을 점유한 사람은 적법한 소지인으로 추정됩니다(상법 제336조). 그런데 비상장 중소기업은 주권을 발행하지 않은 경우가 많습니다. 주권발행 전에 한 주식의 양도는 회사에 대하여 효력이 없지만 회사 성립 후 또는 신주의 납입기일 후 6개월이 지나면 그렇지 않고(상법 제335조 제3항), 이때 주식 양도는 지명채권 양도의 일반원칙에 따라 당사자의 의사표시만으로 효력이 생깁니다. 수원지방법원 2022. 4. 13. 선고 2021가단546142 판결은 주권이 없는 회사 주식 4만 주를 2,000만 원에 산 매수인에게 매도인이 협조하지 않자, 매도인에게 양도의 의사표시를 하고 확정일자 있는 증서로 회사에 양도 사실을 통지하라고 명했습니다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009다88631 판결). 그리고 회사에 주주임을 주장하려면 주주명부에 이름을 올리는 명의개서가 있어야 합니다(상법 제337조 제1항).

이중양도는 확정일자가 가릅니다. 주권발행 전 주식을 회사 외의 제3자에게 대항하려면 지명채권 양도처럼 확정일자 있는 증서에 의한 통지나 승낙이 필요합니다(민법 제450조 제2항). 앞의 서울동부지방법원 2018가합108498 판결에서 채권자는 대여금 27억 9,959만 원의 담보로 주식매매계약서와 확약서까지 받아 두었지만 회사에 통지하지 않았고, 그 사이 채무자가 같은 주식을 다른 회사에 넘기고 확정일자 있는 통지를 해 명의개서까지 마쳤습니다. 법원은 채권자가 그 제3자에게 대항할 수 없다고 보았고, 제3자가 이중양도에 적극 가담했다는 주장도 증거가 부족하다며 받아들이지 않았습니다(대법원 2006. 9. 14. 선고 2005다45537 판결). 대법원 2012. 11. 29. 선고 2012다38780 판결처럼 이중으로 양도한 매도인에게 불법행위책임을 물을 길은 있지만, 주식 자체는 돌아오지 않습니다. 그래서 잔금을 치르는 날 매도인 명의의 양도통지서를 받아 그 자리에서 내용증명으로 회사에 보내는 것이 가장 싼 보험입니다.

주주명부와 실제 주주가 다른 회사도 조심해야 합니다. 대법원 2017. 3. 23. 선고 2015다248342 전원합의체 판결은 회사에 대한 관계에서는 주주명부상 주주만이 의결권 등 주주권을 행사할 수 있고, 회사도 실제 주주가 따로 있다는 사실을 알았든 몰랐든 명부상 주주의 권리 행사를 부인할 수 없으며, 명의개서가 부당하게 지연되거나 거절된 극히 예외적인 경우에만 명부에 없는 사람이 주주권을 행사할 수 있다고 판시했습니다. 명의를 빌려 둔 주식이 섞인 회사를 산다면 명의자와 실제 소유자를 모두 계약 당사자로 세우고, 거래종결일에 명의자 이름으로 된 양도통지서를 받아야 합니다.

정관에 양도제한이 있으면 이사회 승인을 선행조건으로 넣어야 합니다

정관이 주식 양도에 이사회 승인을 요구하는데 승인 없이 양도하면 그 양도는 회사에 대하여 효력이 없습니다(상법 제335조 제2항). 그러나 당사자 사이의 양도계약까지 무효가 되는 것은 아닙니다(대법원 2008. 7. 10. 선고 2007다14193 판결). 앞의 수원지방법원 2021가단546142 판결에서 매도인은 자본금 10억 원 미만에 이사가 두 명인 회사여서 주주총회 승인이 필요한데(상법 제383조 제4항) 승인을 받지 않았으니 계약이 무효라고 주장했지만, 법원은 승인 절차는 계약 이행 뒤에 밟을 절차라며 매도인에게 양도 의사표시와 통지를 명했습니다. 승인 절차는 상법에 정해져 있습니다. 양도하려는 주주가 서면으로 승인을 청구하면 회사는 1개월 안에 승인 여부를 서면으로 알려야 하고, 그 기간 안에 거부 통지가 없으면 승인한 것으로 보며, 거부 통지를 받은 주주는 20일 안에 양도 상대방의 지정이나 주식 매수를 청구할 수 있습니다(상법 제335조의2). 주식을 취득한 사람도 승인을 청구할 수 있습니다(상법 제335조의7).

문제는 정관보다 주주 사이의 협약에서 더 자주 생깁니다. 서울고등법원 2019. 9. 19. 선고 2019나2006063 판결은 산업단지 개발을 위해 여러 출자자가 세운 프로젝트금융투자회사의 주식 5만 주를 사기로 한 매수인이, 5억 원을 지급하는 것과 상환으로 주권 인도나 주식양도절차 이행을 구한 사건입니다. 계약서에는 주주간 협약에 따른 절차, 출자자 전원의 동의, 이사회 승인이 없으면 계약이 무효가 된다는 조항이 있었는데, 실무자 회의에서 일부 출자자가 반대해 동의 절차가 중단되었습니다. 법원은 우선매수권 절차와 별개로 출자자 전원의 동의가 필요하다고 해석했고, 주주 사이의 양도제한 약정은 투하자본 회수를 전면적으로 막지 않는 한 유효하다고 보았으며(대법원 2013. 5. 9. 선고 2013다7608 판결), 매도인이 조건 성취를 방해했다는 주장도 증거가 없다며 1심을 변경해 매수인의 청구를 모두 기각했습니다. 매수인이라면 승인이 불발되면 계약금을 즉시 돌려받는다는 조항과, 매도인이 승인 절차에 협력할 의무와 기한을 함께 적어야 합니다. 우선매수권과 동반매도권 같은 주주간계약상 양도제한의 설계는 이 시리즈의 주주간계약 양도제한편에서 다룹니다.

매매대금 조항 — 분할지급, 잠정대금 정산, 성과연동 대금은 산식을 끝까지 적어야 합니다

대금을 나누어 받는다면 돈이 들어오는 만큼 주식이 넘어가도록 연동해 두어야 합니다. 서울고등법원 2023. 2. 9. 선고 2022나2008052 판결은 철도궤도 공사업체 대표가 가진 주식 전부 17만 주와 경영권을 넘기는 계약에서, 계약서상 대금은 26억 3,976만 원이었지만 추가합의로 실제 대금을 20억 원으로 정하고 "지급받은 금액에 비례하는 주식을 대금 수령 즉시 이전한다"고 적은 사건입니다. 매수인들은 8억 3,820만 원만 지급했습니다. 법원은 계약 체결만으로 주식 전부가 넘어간 것이 아니라 지급된 대금에 비례하는 주식에만 양도 효과가 생긴다고 보아 그 부분의 명의개서를 명하고, 나머지 4만 9,378주씩은 매도인이 각 5억 8,090만 원을 받는 것을 조건으로 명의개서하라고 판결했습니다. 연동 문구가 있었기에 분쟁이 나도 바로 집행할 수 있는 주문이 나온 것입니다. 한편 계약서 금액과 실제 금액을 따로 두는 방식은 세무 신고에서 문제가 되기 쉬우므로 권하지 않습니다.

잠정대금을 정하고 거래종결일 기준으로 정산하는 구조라면 정산에 넣을 항목과 뺄 항목을 목록으로 적어야 합니다. 서울고등법원 2021. 12. 16. 선고 2020나2045842 판결은 유형자산 평가액과 현금성 자산 평가액을 더한 잠정 주식대금 378억 원에 토지대금 135억 원을 합쳐 계약하고, 기준일의 현금성 자산 순자산가치와의 차액을 정산하기로 한 사건입니다. 매수인은 건물 무단 용도변경 원상회복비와 철탑 보수비 약 18억 원을 부채로 빼야 한다고 주장했지만, 법원은 매수인이 그 사정을 알고 비용을 부담하며 정산에 넣지 않기로 한 조항이 있다는 이유로 이를 부채에서 제외하고 매도인들의 청구를 일부 받아들였습니다.

성과연동 대금(언아웃)은 문구 하나로 수십억 원이 갈립니다. 서울중앙지방법원 2025. 11. 7. 선고 2024가합74463 판결은 금융투자회사 창업주가 주식을 두 번에 나누어 팔면서 2차 대금을 3년 뒤 감사를 마친 재무제표의 당기순이익에 미리 정한 배수를 곱해 정하기로 한 사건입니다. 매수인 측이 결산에서 진행 중인 소송의 우발채무 97억 5,000만 원을 충당부채로 반영해 순이익이 줄자, 매도인은 이를 빼고 계산해야 한다며 일부청구로 126억 원을 청구했습니다. 법원은 계약이 감사필 순이익을 기준으로 정했고 조정 조항을 두지 않았으며 감사인이 적정의견을 냈고, 매도인의 공동경영 권한은 정해진 기간이 끝나 결산 참여권도 없었다며 청구를 모두 기각했습니다. 반대로 수원지방법원 2026. 2. 12. 선고 2025가합11203 판결은 영업양도 사건이지만, 대금을 40억 원으로 명시하고 "영업이익의 30퍼센트를 반기마다 지급하되 5년간 40억 원에 못 미치면 별도 계약을 체결한다"고 적은 계약에서 양수인이 언아웃이라며 지급을 거절하자, 영업이익 지급은 지급 방법에 불과하고 대금은 40억 원으로 확정되었다고 보아 18억 953만여 원의 지급을 명했습니다. 언아웃을 쓴다면 성과 미달 시 대금이 줄어드는지 지급만 늦춰지는지, 기준 지표와 일회성 손익의 처리, 기간 중 매도인의 정보 접근권을 모두 적어야 합니다.

선행조건과 거래종결 — 확인실사, 거래종결 전 확약, 중대한 부정적 변화, 기한 도과

거래종결(클로징)은 대금 지급과 주식 이전이 동시에 이루어지는 날이고, 계약서는 그 전제가 되는 선행조건과 조건이 충족되지 않았을 때의 효과를 정해야 합니다. 선행조건이 제 역할을 한 예가 서울중앙지방법원 2019. 7. 18. 선고 2018가합528754 판결입니다. 학원 법인 주식과 개인 학원 영업을 100억 원에 사기로 하고 계약금 20억 원을 낸 매수인이 실사를 해 보니, 고지받은 순자산 약 53억 6,200만 원이 실제로는 31억 1,800만 원이었고, 1억 9,329만여 원의 세금 추징 가능성과 미지급 연장·휴일근로수당 등 12억 8,500만 원의 우발채무 가능성이 드러났습니다. 계약은 매도인의 진술·보장이 진실할 것을 중도금 지급의 전제로 정하고 있었고, 매수인의 시정 요구에 매도인이 응하지 않자 법원은 해제를 적법하다고 보아 계약금 20억 원과 실사비용 2억 4,200만 원의 반환과 배상을 명했습니다. 매수인도 알던 내용이라는 매도인의 항변은 계약에 그런 면책 문구가 없다는 이유로 받아들여지지 않았습니다. 진술·보장 위반의 손해 산정은 숨은 부채편에서 다룹니다.

중대한 부정적 변화(MAC) 조항은 무엇을 빼느냐가 핵심입니다. 서울고등법원 2024. 2. 2. 선고 2023나2008004, 2023나2008011 판결은 한 저비용 항공사 인수 사건입니다. 계약은 '중대하게 부정적인 영향'의 정의에서 코로나19로 인한 사업부진을 명시적으로 제외했고, 법원은 그 때문에 매수인이 코로나 부진을 이유로 거래종결 의무를 면할 수는 없다고 보았습니다. 그러나 운항시각 반납 미고지와 항공안전법 위반처럼 코로나와 무관한 진술·보장 위반은 별도의 해제사유라며 해제를 인정했고, 매도인이 받은 계약금 115억 원을 돌려주고, 계약금 상당액으로 정한 손해배상 예정액 115억 원은 20퍼센트인 23억 원으로 줄여 매수인에게 지급하라고 했습니다. 매수인이 계약 전부터 돈을 빌려주고 자금관리자를 파견해 재정 사정을 알고 있었던 점이 감액 사유가 되었습니다.

거래종결 기한을 넘겼을 때의 효과도 판결이 갈립니다. 서울중앙지방법원 2025. 8. 14. 선고 2024가합101211 판결은 200억 원 규모 주식매매에서 매수인 측이 네 차례에 걸쳐 잔금 기일 변경이나 매수인 변경을 요청한 끝에 "기한까지 잔금을 내지 않으면 매수인 지위가 자동으로 넘어간다"는 조항을 받아들인 사건인데, 법원은 기한 도과만으로 그 효력이 생긴다고 보았습니다(대법원 2010. 7. 22. 선고 2010다1456 판결). 매수인은 매도인이 자산 유지와 중대한 부정적 영향 통지라는 선행조건을 지키지 않았다고 다투었지만, 계약 전 이미 자본잠식률 약 53.14퍼센트를 알고 산 이상 위반이 아니라고 판단했습니다. 반면 창원지방법원 2023. 6. 15. 선고 2022가합51645 판결은 이행각서의 잔금 기한이 지났어도 그 뒤 매수인 대표를 대상회사 공동대표이사로 선임해 주는 등 계약을 유지한 사정이 있다며 자동해제를 부정했습니다. 기한을 넘긴 뒤의 행동이 자동해제 조항을 무력화할 수 있다는 뜻입니다.

계약금·이행보증금은 '위약벌'이라고 써도 줄어들 수 있습니다

대법원 2016. 7. 14. 선고 2012다65973 판결은 기업인수를 위한 주식매매 양해각서의 이행보증금 몰취 조항에 '위약벌'이라고 적었더라도 위약금은 민법 제398조 제4항에 따라 손해배상액의 예정으로 추정되고, 위약벌로 보려면 특별한 사정이 증명되어야 한다고 판시했습니다. 그 사건의 이행보증금은 손해배상 예정이며 3,150여억 원 전액 몰취는 부당히 과다하다며 원심을 파기했습니다. 손해배상 예정액이 부당히 과다하면 법원은 적당히 감액할 수 있습니다(민법 제398조 제2항).

하급심은 이 법리로 실제 금액을 깎고 있습니다. 앞의 서울고등법원 2018나2008772 판결은 회생절차 중인 건설사가 보유한 에너지 회사 주식 등을 335억 원에 사기로 한 양해각서에서 매수인 컨소시엄이 낸 이행보증금 16억 7,500만 원을 두고, 추가 손해배상 청구를 막는 조항이 있어 이행보증금이 손해배상금으로 기능한다며 손해배상 예정으로 보았습니다. 이어 매수인에게만 위약금을 지운 편면적 조항, 5영업일에 불과한 본계약 체결 기한, 매도인이 실사 중 알고 있던 대상회사 직원의 4억 5,818만 원 횡령을 제때 알리지 않은 점을 들어 절반인 8억 3,750만 원을 돌려주라고 했습니다. 창원지방법원 2022가합51645 판결은 이행각서에 '위약벌'이라고 적었지만 별도의 손해배상 규정이 없다며 손해배상 예정으로 보고, 짧은 기한에 큰 금액을 요구한 점과 매수인의 영세한 규모를 들어 50퍼센트인 2억 9,865만 원의 반환을 명했습니다. 춘천지방법원 2023. 6. 14. 선고 2020가단57383 판결도 해외 카페 법인 주식 매매에서 대금 지급일을 미루며 낸 이행보증금 1억 원의 몰취를 인정하되 7,000만 원으로 줄였습니다.

감액되지 않은 판결도 짝으로 보아야 합니다. 서울고등법원 2024. 8. 23. 선고 2023나2056638 판결은 매수인의 잔금 미지급으로 해제된 계약의 계약금 8억 원을 손해배상 예정으로 보면서도, 매매대금 48억 7,317만여 원의 약 16.4퍼센트로 거래관행을 크게 벗어나지 않고, 매수인의 가처분 때문에 매도인이 새 매수인에게 3억 원을 깎아 팔았으며 변호사 비용으로 약 1억 3,400만 원을 쓴 점을 들어 감액하지 않았습니다. 서울중앙지방법원 2024. 1. 11. 선고 2023가합63527 판결은 양해각서에 이행보증금의 3배인 6억 원을 위약벌로 정하면서 위약벌과 별도로 실제 손해의 배상도 청구할 수 있다고 적은 사건에서 이를 위약벌로 인정했고, 잠정 매매대금 65억 원의 약 9.2퍼센트이며 양측에 똑같이 적용되고 매수 측이 먼저 제안한 조항이라며 6억 원 전액을 인정했습니다. 위약벌의 공서양속 위반 여부와 감액 법리의 세부는 이 시리즈의 위약벌편에서 다룹니다.

계약금에는 해약금 문제가 하나 더 있습니다. 매매 당사자가 계약금을 주고받으면 다른 약정이 없는 한 이행에 착수하기 전까지 준 쪽은 포기하고 받은 쪽은 배액을 돌려주고 해제할 수 있습니다(민법 제565조 제1항). 부산지방법원 2024. 3. 28. 선고 2023가합42283 판결도 계약금계약은 통상 이 해제권을 유보하는 약정으로서 손해배상액의 예정과는 법률적 성격이 다르다고 설명했습니다. 주식 거래에서 이 해제권을 인정할지는 계약서에 분명히 적어야 합니다.

대금을 안 주거나 주식을 안 넘길 때 — 이행청구, 해제, 원상회복

매수인이 대금을 다 냈는데 매도인이 주식을 넘기지 않으면, 주권이 있는 회사는 주권 인도를, 주권이 없는 회사는 양도 의사표시와 확정일자 있는 통지를 청구합니다. 의사표시를 명하는 판결은 확정과 동시에 그 의사를 진술한 것으로 보므로(민사집행법 제263조 제1항), 서울고등법원 2017. 6. 15. 선고 2016나2069681 판결처럼 주식 양도담보권자가 설정자를 상대로 회사에 대한 통지를 구한 청구도 받아들여졌습니다. 주권발행 전 주식의 양수인은 양도인의 협력 없이도 양수 사실을 증명해 회사에 직접 명의개서를 청구할 수 있다는 것이 판례이고(대법원 1995. 5. 23. 선고 94다36421 판결), 앞의 서울고등법원 2022나2008052 판결은 잔금이 남은 부분에 대해 대금 지급을 조건으로 한 명의개서를 명했습니다. 매도인이 다른 사람에게 팔 우려가 있으면 주식처분금지가처분을 먼저 검토하지만, 서울고등법원 2023나2056638 판결에서 보듯 근거가 약한 가처분은 상대방의 손해로 돌아와 계약금 감액 주장을 막는 사정이 됩니다.

매도인 쪽에서는 잔금을 청구하거나, 최고 뒤 계약을 해제하고 계약금을 몰취하는 길이 있습니다. 해제하면 각자 받은 것을 돌려주어야 하므로 매도인은 받은 대금을 이자와 함께 반환하고 매수인은 명의개서를 되돌리는 데 협력해야 합니다. 이미 명의개서를 해 준 뒤 잔금을 못 받았다면 해제와 함께 명의 회복을 청구하는데, 이때 해제의 방식이 세금 환급 여부까지 가른다는 점을 다음 항목에서 봅니다.

세금 함정 — 양도소득세, 과점주주 취득세, 제2차 납세의무, 저가 거래

매도인은 비상장 주식을 양도하면 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 안에 양도소득세를 예정신고해야 하고(소득세법 제105조 제1항 제2호), 증권거래세도 같은 기한에 양도자가 신고·납부하며 세율은 1만분의 35입니다(증권거래세법 제3조 제3호, 제8조 제1항, 제10조 제1항 제2호). 대금을 다 받기 전에 명의개서부터 해 주면 명의개서일이 양도시기가 될 수 있어(소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호) 잔금을 못 받은 상태에서 세금부터 내는 일이 생깁니다. 그 뒤 계약이 깨지면 환급은 해제의 모양에 달려 있습니다. 수원지방법원 2016. 1. 18. 선고 2014구합58281 판결은 계약금만 받고 명의개서를 해 준 뒤 잔금이 들어오지 않자 이행을 최고하고 해제한 매도인의 경정청구를 받아들였습니다. 반면 서울고등법원 2022. 9. 21. 선고 2022누31381 판결은 명의개서를 즉시 해 주고 대금 일부만 받은 채 4년 8개월 동안 독촉하지 않다가 합의해제한 사건에서, 합의해제는 계약을 소급해 무효로 할 부득이한 사유가 있어야 후발적 경정청구 사유가 된다며 양도소득세 7,085만여 원의 환급을 거부한 처분을 유지했습니다. 후발적 경정청구는 그 사유가 생긴 것을 안 날부터 3개월 안에 해야 합니다(국세기본법 제45조의2 제2항).

매수인에게는 과점주주 간주취득세가 있습니다. 법인의 주식을 취득해 과점주주가 되면 그 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보고, 법인 설립 때 주식을 취득해 과점주주가 된 경우는 제외됩니다(지방세법 제7조 제5항). 과점주주는 기본적으로 본인과 특수관계인의 주식을 합쳐 50퍼센트를 넘고 그 권리를 실질적으로 행사하는 사람들을 말합니다(지방세기본법 제46조 제2호). 앞의 수원지방법원 2025구합61183 판결에서 대표는 이미 몇 해 전 임원들 명의로 주식을 나누어 두어 실질적으로는 그때 과점주주였다고 다투었지만, 계약서와 대금 흐름이 뒷받침되지 않는다며 배척되었습니다(대법원 2018. 11. 9. 선고 2018두49376 판결). 반대로 서울고등법원 2021. 8. 19. 선고 2021누42308 판결은 법인이 자기 임원의 배우자와 자녀에게서 비상장회사 주식 전부를 50억 원에 산 사건에서, 과점주주 해당 여부는 특정 주주 한 명이 아니라 과점주주 집단 전체의 비율 증가로 판단하는데 특수관계에 있는 집단 안에서 주식이 옮겨졌을 뿐이라며 취득세 2억 1,471만여 원의 부과를 취소했습니다(대법원 2007. 8. 23. 선고 2007두10297 판결).

제2차 납세의무는 매도인과 매수인 모두의 문제입니다. 비상장 법인의 재산으로 체납 세금을 충당하지 못하면 그 국세의 납세의무 성립일 현재 과점주주가 부족액을 자기 지분 비율 한도에서 부담합니다(국세기본법 제39조). 수원지방법원 2021. 4. 22. 선고 2019구합63684 판결은 회사 주식과 경영권을 넘겼다는 약정서와 주주명부가 있었지만 양도 신고도 증권거래세·양도소득세 신고도 없고 대금이 오간 자료도 없다며, 넘겼다고 주장한 원래 주주에게 8,616만여 원의 제2차 납세의무를 지웠습니다. 광주지방법원 2014. 7. 17. 선고 2014구합10394 판결은 제2차 납세의무를 피하려는 목적이었더라도 법원 허가를 받고 명의개서까지 마친 실제 양도라면 효력을 부인할 규정이 없다며 21억 7,252만여 원의 부과를 취소했습니다. 매도인은 신고와 명의개서로 양도를 흔적으로 남기고, 매수인은 실사에서 체납 여부를 확인해야 합니다. 특수관계인 사이에 시가보다 낮거나 높은 값으로 거래해 그 차액이 기준금액 이상이면 이익을 얻은 쪽에 증여세가 부과되고(상속세 및 증여세법 제35조 제1항), 서울행정법원 2007. 6. 29. 선고 2006구합45180 판결은 동생에게서 보충적 평가방법에 따른 시가의 60에서 70퍼센트에 불과한 가격으로 비상장주식을 사들인 사건에서 과세처분 취소 청구를 기각했습니다.

계약서에는 이렇게 적어 두십시오

• 주권과 통지 — "매도인은 대상회사가 주권을 발행하지 않았음을 확인한다. 매도인은 거래종결일에 확정일자 있는 증서에 의한 주식양도 통지서를 매수인에게 교부하고, 매수인 명의로 명의개서된 주주명부 사본을 대상회사로부터 발급받아 교부한다."

• 양도 승인 — "거래종결은 대상회사 정관 제○조에 따른 이사회(자본금 10억 원 미만인 경우 주주총회)의 양도승인을 선행조건으로 한다. 계약일부터 ○일 안에 승인이 없으면 각 당사자는 계약을 해제할 수 있고, 매도인은 받은 계약금을 ○영업일 안에 반환한다."

• 동시이행과 분할 이전 — "매수인의 잔금 지급과 매도인의 주식 이전 서류 교부는 거래종결일에 동시에 이행한다. 대금을 나누어 지급하는 경우 매도인은 받은 금액에 비례하는 주식을 지급일부터 ○영업일 안에 이전한다."

• 대금 정산 — "잠정 매매대금은 ○년 ○월 ○일 재무제표를 기준으로 하고, 거래종결일 기준 순자산과의 차액을 정산한다. 정산에 포함하는 항목은 별지 1, 제외하는 항목은 별지 2와 같으며, 양측 산정액의 차이가 ○원을 넘으면 양측이 함께 선임한 회계법인의 산정에 따른다."

• 성과연동 대금 — "추가 매매대금은 ○년 감사를 마친 재무제표의 영업이익을 기준으로 산정하되, 일회성 손익과 매수인이 새로 채택한 회계정책의 영향은 제외한다. 산정 기간 중 매도인은 분기별 재무자료를 열람할 수 있다."

• 거래종결 기한 — "거래종결이 ○년 ○월 ○일까지 이루어지지 않으면 그 지연에 책임이 없는 당사자는 서면 통지로 계약을 해제할 수 있다. 기한 연장은 서면 합의로만 한다."

• 계약금의 성질 — "계약금은 민법 제565조의 해약금으로 보지 않는다. 매수인의 책임 있는 사유로 계약이 해제되면 계약금은 손해배상액의 예정으로 매도인에게 귀속된다." 위약벌로 정하려면 "이와 별도로 실제 발생한 손해의 배상을 청구할 수 있다"는 문구와 양측에 똑같이 적용되는 구조가 함께 있어야 합니다.

• 세금 부담 — "이 거래로 인한 양도소득세와 증권거래세는 매도인이, 과점주주 간주취득세는 매수인이 부담한다. 거래종결일 전 사업연도에 관한 대상회사의 조세로 매수인이 입은 손해는 매도인이 배상한다."

여기서부터는 변호사 검토가 필요합니다

모든 주식 거래에 변호사가 필요한 것은 아닙니다. 주권이 없고 정관상 양도제한이 없는 회사의 소수지분을 한 번에 대금을 치르고 넘기는 거래라면, 표준 양식 계약서에 확정일자 있는 양도통지를 곁들이고 세무사를 통해 신고하는 것으로 충분한 경우가 많습니다. 다음 가운데 하나라도 해당하면 서명 전에 검토를 받으시기를 권합니다.

• 경영권이 넘어가거나 매수인 측 지분이 50퍼센트를 넘게 되는 거래, 특히 대상회사가 부동산을 가진 경우

• 대금을 나누어 치르거나, 잠정대금 정산이나 성과연동 대금이 들어가는 거래

• 계약금이나 이행보증금이 1억 원을 넘거나 매매대금의 10퍼센트를 넘는 거래

• 정관상 양도제한이나 주주간 협약, 투자계약이 있어 다른 주주의 동의나 우선매수권이 걸리는 거래

• 명의를 빌려 둔 주식이 섞여 있거나, 대상회사에 체납 세금이나 진행 중인 소송이 있는 거래

• 이미 잔금 연기 요청을 받았거나 해제 통지, 이행보증금 몰취 통지를 받은 경우

이 경우는 선임 실익이 없습니다

솔직하게 말씀드리면 변호사 비용이 거래의 위험보다 큰 경우가 있습니다. 첫째, 부모와 자녀나 부부 사이에서 소수지분을 넘기는 거래입니다. 이때 쟁점은 계약서보다 증여세와 저가 거래 과세이므로 세무 상담이 먼저입니다. 둘째, 액면가 수준의 소수지분을 수천만 원 이하 대금으로 한 번에 넘기고, 대상회사에 부동산이 없으며 매수인 지분이 50퍼센트를 넘지 않는 거래입니다. 셋째, 매수인 사정으로 잔금을 못 내 계약이 해제되었고 몰취된 계약금이 매매대금의 10퍼센트 안팎인 경우입니다. 서울고등법원 2023나2056638 판결처럼 16.4퍼센트의 계약금도 감액되지 않은 사례가 있으므로, 매도인 쪽 귀책이나 편면적 조항 같은 특별한 사정이 없다면 감액 소송의 실익은 크지 않습니다. 반대로 이행보증금이 억 단위이고 매도인의 정보 제공 의무 위반이나 한쪽에만 불리한 조항이 있다면, 서울고등법원 2018나2008772 판결처럼 절반을 돌려받은 사례가 있어 다퉈 볼 가치가 분명합니다.

자주 묻는 질문

주식양수도계약서도 공증을 받아야 효력이 있나요

아닙니다. 주식양수도계약은 당사자의 합의만으로 효력이 생기고, 주권발행 전 주식도 회사 성립 후 6개월이 지났다면 의사표시만으로 넘어갑니다(상법 제335조 제3항). 다만 이중양도에 대비하려면 확정일자 있는 증서로 회사에 통지하거나 회사의 승낙을 받아야 합니다(민법 제450조 제2항). 내용증명 우편으로 보낸 양도통지가 대표적인 방법이며, 서울동부지방법원 2018가합108498 판결에서 이를 빠뜨린 채권자는 주식을 잃었습니다.

주권이 없는 회사 주식은 어떻게 팔아야 하나요

계약서에 주권 미발행 사실을 적고, 대금을 받는 날 양도통지서를 매수인에게 건네 회사에 내용증명으로 보내게 한 뒤 명의개서를 마칩니다. 매도인이 통지를 거부하면 매수인은 양도 의사표시와 확정일자 있는 통지를 구하는 소송을 낼 수 있고, 수원지방법원 2021가단546142 판결이 그렇게 명했습니다. 회사 성립 후 6개월이 지나지 않았다면 회사에 대해 효력이 없으므로 기간부터 확인하십시오.

계약금을 포기하고 주식 계약을 해제할 수 있나요

계약서에 다른 약정이 없고 상대방이 이행에 착수하기 전이라면 가능합니다(민법 제565조 제1항). 그러나 주식양수도계약서 상당수는 해제 사유를 따로 정하고 계약금을 손해배상 예정으로 정하므로, 계약서 문구가 우선합니다. 상대방이 중도금을 냈거나 명의개서 절차를 밟기 시작했다면 이 방법은 쓸 수 없습니다.

비상장주식 양도소득세 신고 기한은 언제인가요

양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 안입니다(소득세법 제105조 제1항 제2호). 예를 들어 3월에 양도했다면 8월 31일까지 예정신고하고, 증권거래세도 같은 기한에 신고합니다(증권거래세법 제10조 제1항 제2호). 잔금보다 명의개서를 먼저 해 주면 명의개서일이 양도시기가 될 수 있다는 점도 기억하십시오.

이사회 승인 없이 판 주식 계약은 무효인가요

무효가 아닙니다. 승인 없는 양도는 회사에 대하여 효력이 없을 뿐 당사자 사이의 계약은 유효합니다(대법원 2008. 7. 10. 선고 2007다14193 판결). 양도하려는 주주나 주식을 취득한 사람이 서면으로 승인을 청구하면 회사는 1개월 안에 답해야 하고, 답이 없으면 승인한 것으로 봅니다(상법 제335조의2, 제335조의7). 다만 계약서에 승인이 없으면 무효로 한다고 적었다면 서울고등법원 2019나2006063 판결처럼 그 조항대로 효력을 잃을 수 있습니다.

계약서에 위약벌이라고 적으면 감액이 안 되나요

문구만으로는 부족합니다. 서울고등법원 2018나2008772 판결과 창원지방법원 2022가합51645 판결은 '위약벌'이라고 적힌 금액을 손해배상 예정으로 보고 절반씩 줄였습니다. 위약벌로 인정된 서울중앙지방법원 2023가합63527 판결은 위약벌과 별도로 실제 손해를 청구할 수 있다는 문구가 있었고, 양측에 똑같이 적용되는 조항이었습니다.

과점주주 간주취득세는 누가 내나요

주식을 취득해 본인과 특수관계인의 지분 합계가 50퍼센트를 넘고 그 권리를 실질적으로 행사하게 된 매수인이 냅니다(지방세법 제7조 제5항, 지방세기본법 제46조 제2호). 이미 과점주주 집단에 속한 특수관계인 사이에서 주식이 옮겨져 집단 전체 비율이 늘지 않았다면 과세되지 않는다는 것이 서울고등법원 2021누42308 판결입니다. 계약서에는 이 세금을 누가 부담하는지 따로 적어 두는 것이 좋습니다.

회사가 명의개서를 거부하면 어떻게 하나요

회사를 상대로 명의개서절차 이행을 청구합니다. 주권발행 전 주식의 양수인은 양도인의 협력 없이도 양수 사실을 증명해 청구할 수 있습니다(대법원 1995. 5. 23. 선고 94다36421 판결). 명의개서가 부당하게 지연되거나 거절된 극히 예외적인 경우에는 주주명부에 기재되지 않아도 주주권을 행사할 여지가 있지만(대법원 2017. 3. 23. 선고 2015다248342 전원합의체 판결), 그 전에 양도통지와 승인청구를 서면으로 남겨 두어야 합니다.

이 글에서 인용한 판결과 법령

본문에서 언급한 판결과 조문을 정리했습니다. 사건번호로 직접 확인하실 수 있습니다.

• 대법원 2016. 7. 14. 선고 2012다65973 판결 — 기업인수 양해각서 이행보증금, 위약벌 문구에도 손해배상 예정 추정, 3,150여억 원 전액 몰취 부당(파기환송)

• 대법원 2017. 3. 23. 선고 2015다248342 전원합의체 판결 — 회사에 대한 관계에서 주주명부상 주주만 주주권 행사, 명의개서 부당 거절 시 예외

• 대법원 2008. 7. 10. 선고 2007다14193 판결, 대법원 2013. 5. 9. 선고 2013다7608 판결 — 이사회 승인 없는 양도의 당사자 사이 효력, 주주 사이 양도제한 약정의 효력

• 대법원 2010. 4. 29. 선고 2009다88631 판결, 대법원 1995. 5. 23. 선고 94다36421 판결, 대법원 2012. 11. 29. 선고 2012다38780 판결, 대법원 2006. 9. 14. 선고 2005다45537 판결 — 주권발행 전 주식의 대항요건, 양수인의 명의개서 청구, 이중양도

• 대법원 2010. 7. 22. 선고 2010다1456 판결 — 잔금 미지급 시 자동해제 약정의 효력

• 대법원 2007. 8. 23. 선고 2007두10297 판결, 대법원 2018. 11. 9. 선고 2018두49376 판결 — 과점주주 간주취득세의 판단 기준

• 서울동부지방법원 2020. 1. 17. 선고 2018가합108498 판결 — 확정일자 통지 없는 양수인, 이중양수인에게 패소

• 수원지방법원 2022. 4. 13. 선고 2021가단546142 판결 — 승인 없어도 계약 유효, 양도 의사표시와 확정일자 통지 명령

• 서울고등법원 2017. 6. 15. 선고 2016나2069681 판결 — 주권 미발행 주식 양도담보 설정 통지 청구 인용

• 서울고등법원 2019. 9. 19. 선고 2019나2006063 판결 — 출자자 전원 동의·이사회 승인 불발로 계약 무효, 매수인 청구 기각

• 서울고등법원 2023. 2. 9. 선고 2022나2008052 판결 — 분할지급 비례 이전, 잔금 지급 조건부 명의개서

• 서울고등법원 2021. 12. 16. 선고 2020나2045842 판결 — 잠정대금 정산, 면책 조항 항목은 부채에서 제외

• 서울중앙지방법원 2025. 11. 7. 선고 2024가합74463 판결, 수원지방법원 2026. 2. 12. 선고 2025가합11203 판결 — 성과연동 대금의 해석, 매도인 추가대금 기각과 대금 확정 인정

• 서울중앙지방법원 2019. 7. 18. 선고 2018가합528754 판결 — 실사 결과 선행조건 불충족 해제, 계약금 20억 원과 실사비용 반환

• 서울고등법원 2024. 2. 2. 선고 2023나2008004, 2023나2008011 판결 — 코로나19 제외 조항과 거래종결 의무, 진술·보장 위반 해제, 손해배상 예정 20퍼센트로 감액

• 서울중앙지방법원 2025. 8. 14. 선고 2024가합101211 판결, 창원지방법원 2023. 6. 15. 선고 2022가합51645 판결 — 자동 이전 조항 인정과 자동해제 부정, 위약벌 기재 금액 50퍼센트 감액

• 서울고등법원 2018. 8. 17. 선고 2018나2008772 판결, 춘천지방법원 2023. 6. 14. 선고 2020가단57383 판결 — 이행보증금 감액 인정

• 서울고등법원 2024. 8. 23. 선고 2023나2056638 판결, 서울중앙지방법원 2024. 1. 11. 선고 2023가합63527 판결 — 계약금 감액 부정, 위약벌 6억 원 인정

• 부산지방법원 2024. 3. 28. 선고 2023가합42283 판결 — 계약금계약과 손해배상 예정의 구별

• 수원지방법원 2016. 1. 18. 선고 2014구합58281 판결, 서울고등법원 2022. 9. 21. 선고 2022누31381 판결 — 해제 후 양도소득세 경정청구 인정과 합의해제 부정

• 수원지방법원 2026. 4. 30. 선고 2025구합61183 판결, 서울고등법원 2021. 8. 19. 선고 2021누42308 판결 — 과점주주 간주취득세 적법과 취소

• 수원지방법원 2021. 4. 22. 선고 2019구합63684 판결, 광주지방법원 2014. 7. 17. 선고 2014구합10394 판결 — 제2차 납세의무 인정과 취소

• 서울행정법원 2007. 6. 29. 선고 2006구합45180 판결 — 특수관계인 비상장주식 저가 양수 증여세

• 법령 — 민법 제398조, 제450조, 제563조, 제565조 / 상법 제335조, 제335조의2, 제335조의7, 제336조, 제337조, 제383조 / 민사집행법 제263조 / 소득세법 제105조 및 같은 법 시행령 제162조 / 증권거래세법 제3조, 제8조, 제10조 / 지방세법 제7조 제5항 / 지방세기본법 제46조 / 국세기본법 제39조, 제45조의2 / 상속세 및 증여세법 제35조

법무법인 도모는 이 사건을 이렇게 진행합니다

비상장회사 주식 거래는 계약서 한 부로 끝나는 일이 아니라 주식이 넘어가는 절차, 돈이 오가는 순서, 거래 뒤의 세금이 한꺼번에 맞물리는 일입니다. 저희는 서명 전이라면 분쟁이 생길 지점을 계약서 문구로 막고, 이미 분쟁이 시작되었다면 판결이 실제로 무엇을 보았는지를 기준으로 청구와 방어를 설계합니다.

첫 상담에서 확인하는 것

먼저 대상회사의 등기부와 정관, 주주명부를 봅니다. 주권을 발행했는지, 회사 성립이나 마지막 증자 뒤 6개월이 지났는지, 정관에 이사회 승인 조항이 있고 그것이 등기되어 있는지, 자본금이 10억 원 미만이어서 주주총회가 승인 기관이 되는지를 확인합니다. 다음으로 주주간 협약이나 투자계약이 있는지 봅니다. 다른 주주의 동의나 우선매수권이 걸려 있으면 그 절차를 거래 일정에 넣어야 하기 때문입니다. 세 번째로 대금 구조를 봅니다. 한 번에 치르는지, 나누어 치르는지, 잠정대금을 정산하는지, 성과에 따라 추가 대금이 붙는지에 따라 적어야 할 조항이 달라집니다. 네 번째로 계약금과 이행보증금의 금액과 비율, 문구를 보고 손해배상 예정으로 볼지 위약벌로 볼지를 가늠합니다. 마지막으로 거래 뒤의 세금을 봅니다. 매수인 지분이 50퍼센트를 넘는지, 대상회사에 부동산과 차량이 얼마나 있는지, 특수관계인 사이 거래인지, 회사에 체납 세금이 있는지를 확인해 대금 협상 단계에서 반영하도록 합니다. 이미 분쟁이 생겼다면 해제 통지와 최고서, 몰취 통지, 가처분 신청 여부와 그 날짜를 함께 확인합니다.

김강희 변호사의 대응 방식

김강희 변호사는 매수인을 대리할 때 거래종결일의 체크리스트부터 만듭니다. 잔금 이체와 동시에 받을 서류, 곧 주권이나 확정일자 있는 양도통지서, 이사회 승인 의사록, 명의개서된 주주명부, 임원 사임서를 조항으로 적고, 대금을 나누어 치른다면 받은 금액에 비례해 주식이 넘어오도록 연동합니다. 매도인을 대리할 때는 대금을 다 받기 전에 명의개서를 먼저 해 주지 않도록 순서를 설계하고, 잔금이 늦어질 때를 대비해 최고 기간과 해제 방식, 계약금의 성질을 분명히 적습니다. 이행보증금 분쟁에서는 판결들이 감액을 인정하거나 부정한 사정, 곧 편면적 조항인지, 거래 규모에 비해 금액이 과한지, 상대방이 실사 협조나 정보 제공 의무를 다했는지, 실제로 어떤 손해가 생겼는지를 증거로 세웁니다. 세금 문제가 걸린 사건은 세무 전문가와 함께 과점주주 해당 여부와 해제의 방식을 미리 검토해, 계약이 깨지더라도 환급 가능성을 잃지 않도록 합니다.

함께할 때 결과가 달라지는 이유

이 분야의 판결을 모아 보면 법원은 거창한 법리보다 계약서 문구와 날짜를 봅니다. 이행보증금이 '위약벌'로 적혀 있어도 추가 손해배상을 막는 조항 하나 때문에 손해배상 예정으로 보아 절반이 돌아왔고, 반대로 위약벌과 별도로 손해를 청구할 수 있다는 한 줄이 있는 계약에서는 6억 원 전액이 인정되었습니다. 받은 금액에 비례해 주식을 넘긴다는 문구가 있던 사건에서는 잔금 조건부 명의개서가 바로 나왔고, 출자자 전원의 동의가 없으면 무효라는 문구가 있던 사건에서는 매수인이 주식을 받지 못했습니다. 합의해제와 해제권 행사의 차이는 수천만 원의 세금 환급을 갈랐습니다. 저희는 첫 상담에서 계약서 초안이나 이미 체결된 계약서를 이 판결들의 기준에 비추어 읽고, 고칠 문구와 지금 해야 할 절차의 순서를 구체적으로 말씀드립니다.

법무법인 도모가 함께하겠습니다

주식 거래는 서명하는 날보다 잔금을 치르는 날, 그리고 그 뒤 몇 달 사이에 문제가 드러납니다. 주식이 넘어오지 않거나, 대금 정산에서 수억 원의 차이가 나거나, 계약이 깨졌는데 계약금을 돌려받지 못하거나, 생각하지 못한 취득세와 양도소득세 고지서가 날아오는 일은 대부분 계약서의 한두 문장에서 시작됩니다. 서명 전에 그 문장을 고치는 비용은 분쟁이 난 뒤에 드는 비용보다 훨씬 적습니다.

검토받을 계약서 초안이나 체결된 계약서, 대상회사의 등기부와 정관, 주주명부, 주주간 협약이나 투자계약, 대금 지급 내역과 주고받은 통지서가 있다면 한데 모아 두시기 바랍니다. 비상장회사 주식을 사거나 팔 계획이 있거나 이미 분쟁이 시작되었다면 자료를 정리해 법무법인 도모로 문의해 주시기 바랍니다.

수원·경기 남부에서 상담이 필요하시다면

법무법인 도모는 수원 광교에 사무소를 둔 로펌입니다. 수원지방법원·수원지방검찰청과 가까운 광교중앙로에 자리하고 있으며, 수원·용인·화성·성남·오산·평택 등 경기 남부 전역의 손해배상·대여금·계약 분쟁 등 민사 사건을 맡고 있습니다. 대표변호사를 포함한 8인의 변호사가 사건을 직접 담당합니다.

수원지방법원에 소송을 제기하시거나 소장을 받으셨다면 첫 서면이 사건의 틀을 정합니다. 자료를 정리해 오시면 첫 상담에서 사건의 방향과 다음 단계를 함께 짚어 드립니다. 수원 법무법인 도모로 문의해 주시기 바랍니다.